repository open issue

Index

A

activation (pulse.ActiveModel property) (pulse.Material property) (pulse.material.active_model.ActiveModel property) (pulse.material.ActiveModel property) (pulse.material.Material property) (pulse.material.material_model.Material property) activation_field (pulse.ActiveModel property) (pulse.Material property) (pulse.material.active_model.ActiveModel property) (pulse.material.ActiveModel property) (pulse.material.Material property) (pulse.material.material_model.Material property) active_model (pulse.Material property) (pulse.material.Material property) (pulse.material.material_model.Material property) active_strain (pulse.ActiveModels attribute) (pulse.material.active_model.ActiveModels attribute) (pulse.material.ActiveModels attribute) active_stress (pulse.ActiveModels attribute) (pulse.material.active_model.ActiveModels attribute) (pulse.material.ActiveModels attribute)

ActiveModel (class in pulse) (class in pulse.material) (class in pulse.material.active_model) ActiveModels (class in pulse) (class in pulse.material) (class in pulse.material.active_model) ActiveStressModels (class in pulse.material.active_model) annotate (pulse.utils.Annotation property) Annotation (class in pulse.utils) as_backend_type() (in module pulse) assemble() (in module pulse) assign() (pulse.Constant method) (pulse.Function method) (pulse.FunctionAssigner method) assign_control() (pulse.iterate.Iterator method) assign_sub() (pulse.dolfin_utils.MixedParameter method) (pulse.MixedParameter method) assign_to_vector() (in module pulse.numpy_mpi)

B

backward_displacement (pulse.MeshUnloader property) (pulse.unloader.MeshUnloader property) base_mean_position (pulse.geometry.HeartGeometry property) (pulse.HeartGeometry property) body_force (pulse.BoundaryConditions attribute) (pulse.mechanicsproblem.BoundaryConditions attribute)

BoundaryConditions (class in pulse) (class in pulse.mechanicsproblem) bounding_box_tree() (pulse.Mesh method) broadcast() (in module pulse.numpy_mpi) build_mapping() (pulse.Mesh method)

C

c0 (pulse.CRLBasis attribute) (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.CRLBasis attribute) (pulse.geometry.Geometry property) calculate_residual() (pulse.unloading_utils.ResidualCalculator method) cardiac_boundary_conditions() (in module pulse.mechanicsproblem) CauchyStress() (pulse.Material method) (pulse.material.Material method) (pulse.material.material_model.Material method) cavity_volume() (pulse.geometry.HeartGeometry method) (pulse.HeartGeometry method) cell() (pulse.Constant method) cell_name() (pulse.Mesh method) cell_orientations() (pulse.Mesh method) cells() (pulse.Mesh method) cfun (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.Geometry property) (pulse.geometry.MarkerFunctions attribute) (pulse.MarkerFunctions attribute) ChachyStress() (pulse.MechanicsProblem method) (pulse.mechanicsproblem.MechanicsProblem method) change_step_for_final_iteration() (pulse.iterate.Iterator method) change_step_size() (pulse.iterate.Iterator method) check_h5group() (in module pulse.io_utils) color() (pulse.Mesh method)

compile_extension_module() (in module pulse.numpy_mpi) compressibility() (in module pulse.material.material_model) (pulse.Material method) (pulse.material.Material method) (pulse.material.material_model.Material method) compute_meshvolume() (in module pulse.dolfin_utils) compute_vertex_values() (pulse.Constant method) (pulse.Function method) Constant (class in pulse) constant2float() (in module pulse.iterate) continuation_step() (in module pulse.unloading_utils) (pulse.iterate.Iterator method) coordinates() (pulse.Mesh method) copy() (in module pulse.iterate) (pulse.Function method) (pulse.Geometry method) (pulse.geometry.Geometry method) (pulse.Material method) (pulse.material.Material method) (pulse.material.material_model.Material method) cpp_object() (pulse.Constant method) (pulse.Function method) crl_basis_list() (pulse.Geometry method) (pulse.geometry.Geometry method) CRLBasis (class in pulse) (class in pulse.geometry)

D

data() (pulse.Mesh method) default_bcs_parameters() (pulse.MechanicsProblem static method) (pulse.mechanicsproblem.MechanicsProblem static method) default_parameters() (pulse.Guccione static method) (pulse.HolzapfelOgden static method) (pulse.iterate.Iterator static method) (pulse.LinearElastic static method) (pulse.Material static method) (pulse.material.Guccione static method) (pulse.material.guccione.Guccione static method) (pulse.material.HolzapfelOgden static method) (pulse.material.holzapfelogden.HolzapfelOgden static method) (pulse.material.LinearElastic static method) (pulse.material.linearelastic.LinearElastic static method) (pulse.material.Material static method) (pulse.material.material_model.Material static method) (pulse.material.NeoHookean static method) (pulse.material.neohookean.NeoHookean static method) (pulse.material.StVenantKirchhoff static method) (pulse.material.stvenantkirchhoff.StVenantKirchhoff static method) (pulse.MeshUnloader method) (pulse.NeoHookean static method) (pulse.StVenantKirchhoff static method) (pulse.unloader.MeshUnloader method)

default_solver_parameters() (pulse.MechanicsProblem static method) (pulse.mechanicsproblem.MechanicsProblem static method) (pulse.NonlinearSolver static method) (pulse.solver.NonlinearSolver static method) DeformationGradient() (in module pulse) (in module pulse.kinematics) delist() (in module pulse.utils) dim (pulse.ActiveModel property) (pulse.material.active_model.ActiveModel property) (pulse.material.ActiveModel property) dirichlet (pulse.BoundaryConditions attribute) (pulse.mechanicsproblem.BoundaryConditions attribute) dirichlet_fix_base() (in module pulse.mechanicsproblem) dirichlet_fix_base_directional() (in module pulse.mechanicsproblem) DirichletBC (class in pulse) distribution() (in module pulse.numpy_mpi) domains() (pulse.Mesh method) ds (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.Geometry property) dump_matrix_to_mtx() (in module pulse.solver) dx (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.Geometry property)

E

efun (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.Geometry property) (pulse.geometry.MarkerFunctions attribute) (pulse.MarkerFunctions attribute) EngineeringStrain() (in module pulse.kinematics) enlist() (in module pulse.utils) Enlisted (class in pulse.utils) eta (pulse.Material property) (pulse.material.Material property) (pulse.material.material_model.Material property)

EulerAlmansiStrain() (in module pulse) (in module pulse.kinematics) eval() (pulse.Constant method) (pulse.Function method) eval_cell() (pulse.Function method) extrapolate() (pulse.Function method)

F

F() (pulse.NonlinearProblem method) (pulse.solver.NonlinearProblem method) f0 (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.Geometry property) (pulse.geometry.Microstructure attribute) (pulse.Material property) (pulse.material.Material property) (pulse.material.material_model.Material property) (pulse.Microstructure attribute) Fa (pulse.ActiveModel property) (pulse.Material property) (pulse.material.active_model.ActiveModel property) (pulse.material.ActiveModel property) (pulse.material.Material property) (pulse.material.material_model.Material property) facet_normal (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.Geometry property) Fe() (pulse.ActiveModel method) (pulse.Material method) (pulse.material.active_model.ActiveModel method) (pulse.material.ActiveModel method) (pulse.material.Material method) (pulse.material.material_model.Material method)

ffun (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.Geometry property) (pulse.geometry.MarkerFunctions attribute) (pulse.MarkerFunctions attribute) filter() (pulse.utils.MPIFilt method) FirstPiolaStress() (pulse.Material method) (pulse.material.Material method) (pulse.material.material_model.Material method) (pulse.MechanicsProblem method) (pulse.mechanicsproblem.MechanicsProblem method) FixedPointUnloader (class in pulse) (class in pulse.unloader) from_file() (pulse.Geometry class method) (pulse.geometry.Geometry class method) fully_anisotropic (pulse.material.active_model.ActiveStressModels attribute) Function (class in pulse) function (pulse.dolfin_utils.RegionalParameter property) (pulse.RegionalParameter property) function_space() (pulse.Function method) FunctionAssigner (class in pulse)

G

gather() (in module pulse.numpy_mpi) gather_broadcast() (in module pulse.numpy_mpi) gather_vector() (in module pulse.numpy_mpi) geo_dim (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.Geometry property) geometric_dimension() (pulse.Mesh method) Geometry (class in pulse) (class in pulse.geometry) geometry() (pulse.Mesh method) get_allow_extrapolation() (pulse.Function method) get_attribute() (in module pulse.geometry) get_cavity_volume() (in module pulse.dolfin_utils) get_cavity_volume_form() (in module pulse.dolfin_utils) get_constant() (in module pulse.dolfin_utils) get_delta() (in module pulse.iterate) get_diff() (in module pulse.iterate) get_dimesion() (in module pulse.dolfin_utils)

get_displacement() (pulse.MechanicsProblem method) (pulse.mechanicsproblem.MechanicsProblem method) get_dolfin_version() (in module pulse.utils) get_geometric_dimension() (in module pulse.geometry_utils) get_initial_step() (in module pulse.iterate) get_lv_marker() (in module pulse.utils) get_pressure() (in module pulse.dolfin_utils) get_values() (pulse.dolfin_utils.RegionalParameter method) (pulse.RegionalParameter method) getLogger() (in module pulse.utils) ggroup() (in module pulse.geometry_utils) GreenLagrangeStrain() (in module pulse) (in module pulse.kinematics) (pulse.MechanicsProblem method) (pulse.mechanicsproblem.MechanicsProblem method) Guccione (class in pulse) (class in pulse.material) (class in pulse.material.guccione)

H

hash() (pulse.Mesh method) HeartGeometry (class in pulse) (class in pulse.geometry) heaviside() (in module pulse.dolfin_utils)

hmax() (pulse.Mesh method) hmin() (pulse.Mesh method) HolzapfelOgden (class in pulse) (class in pulse.material) (class in pulse.material.holzapfelogden)

I

I1() (in module pulse.kinematics) I2() (in module pulse.kinematics) I3() (in module pulse.kinematics) I4() (in module pulse.kinematics) I5() (in module pulse.kinematics) I6() (in module pulse.kinematics) I7() (in module pulse.kinematics) I8() (in module pulse.kinematics) id() (pulse.Constant method) (pulse.Function method) (pulse.Mesh method) incompressible() (in module pulse.material.material_model) increment_control() (pulse.iterate.Iterator method) inflate_to_pressure() (in module pulse.unloading_utils) init() (pulse.Mesh method) init_cell_orientations() (pulse.Mesh method) init_global() (pulse.Mesh method)

initial_solve() (pulse.MeshUnloader method) (pulse.unloader.MeshUnloader method) interpolate() (in module pulse) (pulse.Function method) InversePiolaTransform() (in module pulse) (in module pulse.kinematics) is_biv (pulse.geometry.HeartGeometry property) (pulse.HeartGeometry property) is_isotropic() (pulse.Guccione method) (pulse.material.Guccione method) (pulse.material.guccione.Guccione method) isochoric (pulse.Material property) (pulse.material.Material property) (pulse.material.material_model.Material property) IsochoricDeformationGradient() (in module pulse.kinematics) iterate() (in module pulse.iterate) Iterator (class in pulse.iterate)

J

J() (pulse.NonlinearProblem method) (pulse.solver.NonlinearProblem method)

Jacobian() (in module pulse) (in module pulse.kinematics) join() (in module pulse.example_meshes)

L

l0 (pulse.CRLBasis attribute) (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.CRLBasis attribute) (pulse.geometry.Geometry property) leaf_node() (pulse.Function method) LeftCauchyGreen() (in module pulse) (in module pulse.kinematics) LinearElastic (class in pulse) (class in pulse.material) (class in pulse.material.linearelastic)

list_sum() (in module pulse.dolfin_utils) load_from_file() (pulse.Geometry static method) (pulse.geometry.Geometry static method) load_geometry_from_h5() (in module pulse.geometry_utils) load_local_basis() (in module pulse.geometry_utils) load_markers() (in module pulse.geometry_utils) load_material_parameter() (in module pulse.unloading_utils) load_microstructure() (in module pulse.geometry_utils) load_opt_target() (in module pulse.unloading_utils)

M

map_vector_field() (in module pulse.dolfin_utils) marker (pulse.mechanicsproblem.NeumannBC attribute) (pulse.mechanicsproblem.RobinBC attribute) (pulse.NeumannBC attribute) (pulse.RobinBC attribute) MarkerFunctions (class in pulse) (class in pulse.geometry) Material (class in pulse) (class in pulse.material) (class in pulse.material.material_model) material_model (pulse.Material property) (pulse.material.Material property) (pulse.material.material_model.Material property) MechanicsProblem (class in pulse) (class in pulse.mechanicsproblem) Mesh (class in pulse) meshfunction_list() (pulse.Geometry method) (pulse.geometry.Geometry method) MeshUnloader (class in pulse) (class in pulse.unloader) meshvol (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.Geometry property) meshvols (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.Geometry property) mgroup() (in module pulse.geometry_utils) Microstructure (class in pulse) (class in pulse.geometry) microstructure_list() (pulse.Geometry method) (pulse.geometry.Geometry method)

MixedParameter (class in pulse) (class in pulse.dolfin_utils) module pulse pulse.dolfin_utils pulse.example_meshes pulse.geometry pulse.geometry_utils pulse.io_utils pulse.iterate pulse.kinematics pulse.material pulse.material.active_model pulse.material.guccione pulse.material.holzapfelogden pulse.material.linearelastic pulse.material.material_model pulse.material.neohookean pulse.material.stvenantkirchhoff pulse.mechanicsproblem pulse.numpy_mpi pulse.solver pulse.unloader pulse.unloading_utils pulse.utils move() (in module pulse.geometry_utils) mpi_comm() (pulse.Mesh method) mpi_comm_world() (in module pulse.utils) mpi_print() (in module pulse.numpy_mpi) MPIFilt (class in pulse.utils)

N

n0 (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.Geometry property) (pulse.geometry.Microstructure attribute) (pulse.Material property) (pulse.material.Material property) (pulse.material.material_model.Material property) (pulse.Microstructure attribute) name (pulse.Guccione attribute) (pulse.HolzapfelOgden attribute) (pulse.LinearElastic attribute) (pulse.Material property) (pulse.material.Guccione attribute) (pulse.material.guccione.Guccione attribute) (pulse.material.HolzapfelOgden attribute) (pulse.material.holzapfelogden.HolzapfelOgden attribute) (pulse.material.LinearElastic attribute) (pulse.material.linearelastic.LinearElastic attribute) (pulse.material.Material property) (pulse.material.material_model.Material property) (pulse.material.NeoHookean attribute) (pulse.material.neohookean.NeoHookean attribute) (pulse.material.StVenantKirchhoff attribute) (pulse.material.stvenantkirchhoff.StVenantKirchhoff attribute) (pulse.mechanicsproblem.NeumannBC attribute) (pulse.NeoHookean attribute) (pulse.NeumannBC attribute) (pulse.StVenantKirchhoff attribute)

name() (pulse.Constant method) (pulse.Function method) nbasis (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.Geometry property) ncontrols (pulse.iterate.Iterator property) NeoHookean (class in pulse) (class in pulse.material) (class in pulse.material.neohookean) neumann (pulse.BoundaryConditions attribute) (pulse.mechanicsproblem.BoundaryConditions attribute) NeumannBC (class in pulse) (class in pulse.mechanicsproblem) NonlinearProblem (class in pulse) (class in pulse.solver) NonlinearSolver (class in pulse) (class in pulse.solver) normalize_vector_field() (in module pulse.dolfin_utils) np2str() (in module pulse.iterate) nregions (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.Geometry property) num_cells() (pulse.Mesh method) num_edges() (pulse.Mesh method) num_entities() (pulse.Mesh method) num_entities_global() (pulse.Mesh method) num_faces() (pulse.Mesh method) num_facets() (pulse.Mesh method) num_sub_spaces() (pulse.Function method) num_vertices() (pulse.Mesh method)

O

Object (class in pulse.utils) open_h5py() (in module pulse.io_utils)

order() (pulse.Mesh method) ordered() (pulse.Mesh method) orthotropic (pulse.material.active_model.ActiveStressModels attribute)

P

part() (pulse.Function method) PiolaTransform() (in module pulse) (in module pulse.kinematics) print_control() (in module pulse.iterate) (pulse.iterate.Iterator method) print_volumes() (in module pulse.unloading_utils) proj_space (pulse.dolfin_utils.RegionalParameter property) (pulse.RegionalParameter property) project() (in module pulse) pulse module pulse.dolfin_utils module pulse.example_meshes module pulse.geometry module pulse.geometry_utils module pulse.io_utils module pulse.iterate module pulse.kinematics module pulse.material module

pulse.material.active_model module pulse.material.guccione module pulse.material.holzapfelogden module pulse.material.linearelastic module pulse.material.material_model module pulse.material.neohookean module pulse.material.stvenantkirchhoff module pulse.mechanicsproblem module pulse.numpy_mpi module pulse.solver module pulse.unloader module pulse.unloading_utils module pulse.utils module

Q

QuadratureSpace() (in module pulse) (in module pulse.dolfin_utils)

R

r0 (pulse.CRLBasis attribute) (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.CRLBasis attribute) (pulse.geometry.Geometry property) RaghavanUnloader (class in pulse) (class in pulse.unloader) read_h5file() (in module pulse.io_utils) RegionalParameter (class in pulse) (class in pulse.dolfin_utils) regions (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.Geometry property) reinit() (pulse.MechanicsProblem method) (pulse.mechanicsproblem.MechanicsProblem method)

rename() (pulse.Constant method) (pulse.Function method) ResidualCalculator (class in pulse.unloading_utils) restrict() (pulse.Function method) RightCauchyGreen() (in module pulse) (in module pulse.kinematics) rmax() (pulse.Mesh method) rmin() (pulse.Mesh method) robin (pulse.BoundaryConditions attribute) (pulse.mechanicsproblem.BoundaryConditions attribute) RobinBC (class in pulse) (class in pulse.mechanicsproblem) root_node() (pulse.Function method) rotate() (pulse.Mesh method)

S

s0 (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.Geometry property) (pulse.geometry.Microstructure attribute) (pulse.Material property) (pulse.material.Material property) (pulse.material.material_model.Material property) (pulse.Microstructure attribute) save() (pulse.Geometry method) (pulse.geometry.Geometry method) (pulse.MeshUnloader method) (pulse.unloader.MeshUnloader method) save_fields() (in module pulse.geometry_utils) save_geometry_to_h5() (in module pulse.geometry_utils) save_local_basis() (in module pulse.geometry_utils) save_markers() (in module pulse.geometry_utils) save_meshfunctions() (in module pulse.geometry_utils) save_other_attributes() (in module pulse.geometry_utils) save_other_functions() (in module pulse.geometry_utils) scale() (pulse.Mesh method) SecondOrderIdentity() (in module pulse) (in module pulse.kinematics) SecondPiolaStress() (pulse.Guccione method) (pulse.Material method) (pulse.material.Guccione method) (pulse.material.guccione.Guccione method) (pulse.material.Material method) (pulse.material.material_model.Material method) (pulse.MechanicsProblem method) (pulse.mechanicsproblem.MechanicsProblem method) set_allow_extrapolation() (pulse.Function method) set_log_level() (in module pulse) setup_unloading_parameters() (in module pulse.unloader) smooth() (pulse.Mesh method) smooth_boundary() (pulse.Mesh method) snap_boundary() (pulse.Mesh method)

solve() (in module pulse.unloading_utils) (pulse.iterate.Iterator method) (pulse.MechanicsProblem method) (pulse.mechanicsproblem.MechanicsProblem method) (pulse.NonlinearSolver method) (pulse.solver.NonlinearSolver method) SolverDidNotConverge split() (pulse.Function method) squeeze() (in module pulse.iterate) step (pulse.iterate.Iterator property) step_too_large() (in module pulse.iterate) str() (pulse.Constant method) strain_energy() (pulse.Guccione method) (pulse.HolzapfelOgden method) (pulse.LinearElastic method) (pulse.Material method) (pulse.material.Guccione method) (pulse.material.guccione.Guccione method) (pulse.material.HolzapfelOgden method) (pulse.material.holzapfelogden.HolzapfelOgden method) (pulse.material.LinearElastic method) (pulse.material.linearelastic.LinearElastic method) (pulse.material.Material method) (pulse.material.material_model.Material method) (pulse.material.NeoHookean method) (pulse.material.neohookean.NeoHookean method) (pulse.material.StVenantKirchhoff method) (pulse.material.stvenantkirchhoff.StVenantKirchhoff method) (pulse.NeoHookean method) (pulse.StVenantKirchhoff method) StVenantKirchhoff (class in pulse) (class in pulse.material) (class in pulse.material.stvenantkirchhoff) sub() (pulse.Function method) subplus() (in module pulse.dolfin_utils)

T

T_ref (pulse.Material property) (pulse.material.Material property) (pulse.material.material_model.Material property) target_reached() (pulse.iterate.Iterator method) top_dim (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.Geometry property)

topology() (pulse.Mesh method) traction (pulse.mechanicsproblem.NeumannBC attribute) (pulse.NeumannBC attribute) translate() (pulse.Mesh method) transversally (pulse.material.active_model.ActiveStressModels attribute) type() (pulse.Mesh method)

U

ufl_cell() (pulse.Mesh method) ufl_coordinate_element() (pulse.Mesh method) ufl_domain() (pulse.Mesh method) ufl_evaluate() (pulse.Function method) ufl_id() (pulse.Mesh method) UnableToChangePressureExeption unload() (pulse.MeshUnloader method) (pulse.unloader.MeshUnloader method) unload_step() (pulse.FixedPointUnloader method) (pulse.RaghavanUnloader method) (pulse.unloader.FixedPointUnloader method) (pulse.unloader.RaghavanUnloader method)

unloaded_geometry (pulse.MeshUnloader property) (pulse.unloader.MeshUnloader property) update_function() (in module pulse.dolfin_utils) update_geometry() (pulse.Material method) (pulse.material.Material method) (pulse.material.material_model.Material method) update_parameters() (pulse.NonlinearSolver method) (pulse.solver.NonlinearSolver method) update_xshift() (pulse.geometry.HeartGeometry method) (pulse.HeartGeometry method)

V

value (pulse.mechanicsproblem.RobinBC attribute) (pulse.RobinBC attribute) value_dimension() (pulse.Function method) value_rank() (pulse.Function method) value_shape() (pulse.Function method) value_size() (in module pulse.utils) (pulse.Constant method)

values() (pulse.Constant method) vector() (pulse.Function method) vectorfield_to_components() (in module pulse.dolfin_utils) vfun (pulse.Geometry property) (pulse.geometry.Geometry property) (pulse.geometry.MarkerFunctions attribute) (pulse.MarkerFunctions attribute)

W

W_1() (pulse.HolzapfelOgden method) (pulse.material.HolzapfelOgden method) (pulse.material.holzapfelogden.HolzapfelOgden method) (pulse.material.NeoHookean method) (pulse.material.neohookean.NeoHookean method) (pulse.NeoHookean method) W_4() (pulse.HolzapfelOgden method) (pulse.material.HolzapfelOgden method) (pulse.material.holzapfelogden.HolzapfelOgden method) W_8() (pulse.HolzapfelOgden method) (pulse.material.HolzapfelOgden method) (pulse.material.holzapfelogden.HolzapfelOgden method)

Wactive() (in module pulse.material.active_model) (pulse.ActiveModel method) (pulse.Material method) (pulse.material.active_model.ActiveModel method) (pulse.material.ActiveModel method) (pulse.material.Material method) (pulse.material.material_model.Material method) Wactive_anisotropic() (in module pulse.material.active_model) Wactive_orthotropic() (in module pulse.material.active_model) Wactive_transversally() (in module pulse.material.active_model)